Một nhóm các nhà khoa học thuộc Trung tâm nghiên cứu sinh học của vùng Tây Bắc (CIBNOR) phân tích vi sinh vật từ các khu vực rừng ngập mặn để giảm ô nhiễm từ nước thải từ ngành công nghiệp nuôi trồng thủy sản.
Trong nuôi trồng thủy sản, khái niệm về vi khuẩn có lợi bao gồm các khái niệm về probiosis, kiểm soát sinh học và xử lý sinh học. Mặc dù trên thực tế các cơ chế của tác động là chưa hoàn toàn rõ ràng tuy nhiên việc ứng dụng vi sinh trong xử lý nước đã mang lại những cải tiến đáng kể nuôi trồng thủy sản bằng việc ổn định chất lượng nước nuôi tôm và hạn chế khí độc tích lũy trong ao ảnh hưởng đến sức khỏe tôm.
Các vi sinh vật sẽ được áp dụng để giảm mức độ của các hợp chất đạm trong ao nuôi tôm thâm canh, như amoni, nitrit và nitrat. Các hợp chất này được tạo ra thông qua quá trình tiêu hóa của tôm thực phẩm cũng như các chất hữu cơ từ vi khuẩn, tảo chết và khung xương.
Amoniac, nitrit và nitrat được coi là chất gây ô nhiễm có thể tác động hệ sinh thái biển với sự gia tăng của tảo độc gây ra hiện tượng thủy triều đỏ.
Nghiên cứu này đã xác định bảy vi sinh vật: Bacillus sp, nấm men ,. Candida sp. Rhizobium sp. Pseudomonas sp. Phenylobacterium sp. và Macrococcus sp., tiềm năng công nghệ sinh học cần thiết trong công nghệ xử lý nước thải nuôi trồng.
Trong đó các nhóm vi khuẩn kỵ khí (Desulfovibrio và Geobacter) đóng vai trò quan trọng trong quá trình cố định nitơ tại rừng ngập mặn. (Đinh Thuý Hằng). Và còn một lượng lớn vi khuẩn tham gia quá trình này thuộc nhóm chưa phân lập được. Do đó cần có nhiều nghiên cứu sâu hơn để ứng dụng những vi khuẩn này trong việc xử lý nước thải nhất là nước thải quá trình nuôi tôm.